Pemain dapat mahu melakukan misi kecil, namun sikit demi sikit, anda dapat melihat bahawa perkara aneh tersedia. Terdapat sebuah desa yang sunyi, anda dapat menjumpai makmal dan pemain diserang oleh segerombolan ninja yang bermula dari Hidden Village of Sound. Dibalik dalang semua ini ialah Orochimaru, yang beruzaha eksperimen pada seorang, bersama Kabuto pengikut setianya.